第二軍醫(yī)大學長征醫(yī)院南京分院設有臨床科室25個，醫(yī)技科室15個，開展41個專業(yè)，14個實驗室，8個診療中心：創(chuàng)傷急救中心、腦復蘇中心、血液凈化中心、聽力康復和眩暈治療中心、肝病中心、整形美容中心、口腔中心、體檢中心。 第二軍醫(yī)大學長征醫(yī)院擁有多排螺旋CT、4800TFCT、數字胃腸機及1000MA大型X光機、血管造影機、C臂機、IDC、CR和DR系統(tǒng)，多臺彩色多普勒超聲檢查儀、30臺血透儀、全自動呼吸機、高壓氧艙等大型醫(yī)療設備。以及經顱多普勒超聲診斷儀、腦干誘發(fā)電位、各種內窺鏡、24小時動態(tài)心電、動態(tài)血壓檢測儀、活動平板、多導生理記錄儀、各種激光治療儀、微波治療儀、血液光量子治療儀、呼吸睡眠監(jiān)測系統(tǒng)、骨髓細胞分析系統(tǒng)、前庭功能檢查系統(tǒng)、并新增了全自動生化儀、全自動血細胞分析儀、HT熒光酶標儀、微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)、心電監(jiān)護儀、全自動非接觸眼壓儀等先進診療儀器。