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影響復合物分子穩(wěn)定性的主要因素是疏水作用和鍵合力大小，Audie等建立了一種新的經驗自由能公式，該方法能夠預測蛋白質2蛋白質鍵合力大小，準確率達到89%.而影響鍵合力的因素有作用位點空間位的互補、靜電相互作用和氫鍵等，且溶解熵對穩(wěn)定受體2配體復合物起著重要的作用，所以分子對接的過程主要包括分子間的空間互補和電學性質互補。空間互補是分子間發(fā)生相互作用的基礎，能量互補是分子間保持穩(wěn)定結合的基礎。